Tương truyền, chùa Nễ Châu được khởi dựng từ thời Tiền Lê (thế kỷ thứ 10) với quy mô ban đầu còn nhỏ. Khi nghĩa quân Lê Hoàn đóng quân ở đây để chống giặc Tống ngoại xâm, đã cho xây dựng một ngôi chùa mới trên đất làng Phương Cái (ngày nay là thôn Nễ Châu), thay thế cho ngôi chùa cũ đã đổ nát
Cấp Quốc Gia